Okres reformacji i wpływ na życie parafii
Niezadowolenie z różnych tradycyjnych, a często nadużywanych przejawów życia kościelnego, z rozluźnienia wówczesngo życia wśród duchownych i niezaspokojone życzenie reform kościelnych stało się podłożem wystąpienia w 1517 r. Marcina Lutra, który postanowił przeprowadzić reformę kościelną.
Echa wystąpienia Lutra szybko dotarły na Śląsk Cieszyński, gdzie natychmiast znalazły licznych zwolenników, wśród których najgorliwszym protektorem tychże prądów okazał się magnat morawski Jan z Pernsteinu, ojczym małoletniego jeszcze Wacława Adama. Na dość szybki rozwój nowej religii miała zapewne dość duży wpływ znaczna odległość Śląska Cieszyńskiego od siedziby biskupstwa we Wrocławiu oraz bezpośrednie sąsiedztwo z terenami zamieszkiwanymi przez Braci Czeskich. Nie bez znaczenia pozostaje również fakt zajęcia niewyraźnego lub co najmniej obojętnego stanowiska przez biskupów wrocławskich, którzy nic nie czynili, aby powstrzymać szerzącą się na Śląsku, a zwłaszcza na terenach Ziemi Cieszyńskiej, reformację.
W roku 1539 książę Wacław Adam poślubił, jako 16-letni chłopak, Marię, córkę Pernsteina, a od 1545 r. objął oficjalnie rządy swego księstwa. W tymże samym roku doszło do jawnego i popartego faktami historycznymi zerwania księcia z Kościołem katolickim. Książę Wacław Adam zaraz u początków swoich rządów, po przyjęciu religii augsburskiej i ogłoszeniu jej jako obowiązującej w całym księstwie, rozpoczął przekazywanie w ręce reformatorów wszystkich dotychczasowych kościołów katolickich, leżących na terenie Ziemi Cieszyńskiej. Tym poczynaniom księcia, mającym na celu umacnianie nowej religii na tych terenach, sprzyjało przychylne nastawienie ze strony szlachty i książąt cieszyńskich, którzy bardzo mocno byli zainteresowani przejęciem majątków należących dotychczas do Kościoła katolickiego. Chłopi zaś musieli podporządkować się woli i wyznaniu swoich panów, w myśl obowiązującej zasady "cuius regio, eius religio".
Mieszkańcy Puńcowa, choć głęboko przywiązani do tradycji religijnej swoich przodków, jednak zbyt ulegli i skłonni do szybkiego przyjmowania jakichkolwiek nowin, bardzo łatwo i w krótkim okresie przyswoili sobie naukę reformacji. Nowo wybudowany kościół w Puńcowie przekazany więc został przez księcia cieszyńskiego miejscowym protestantom, wywodzącym się głównie spośród zamieszkujących we wsi kolonistów niemieckich. Wówczas to, w 1549 r. książę Wacław Adam, pragnąc przywłaszczyć sobie prawa biskupie do istniejącej już zapewne parafii w Puńcowie, wydał dokument, w którym ogłasza: jako też dla lepszego zaopatrzenia kościoła puńcowskiego zezwoliliśmy i zezwalamy, aby Puńcowianie obecni i w przyszłości dla swej dziedziny trzymać mogli własnego proboszcza, który będzi gorliwym i poczciwym księdzem. Do parafii książę przyłączył równocześnie Kojkowice i Dzięgielów, a zarazem nałożył na nią wyznanie ewangelickie. Podone zarządzenia zostały wówczas rozesłane do wszystkich parafii w obrębie księstwa cieszyńskiego. Pierwszym duchownym ewangelickim ustanowionym przez księcia dla parafii w Puńcowie, był Bartłomiej Lassolinis z Bielska. Pracując w Puńcowie, tak rozszerzył luteranizm po całym księstwie, iż objął on poza Cieszynem, wykazującym gorliwość w przyjmowaniu i rozszerzaniu nowej wiary, jeszcze około 50 wiejskich kościołów i kaplic zamkowych. W tym okresie tylko hrabstwa Frydeckie i Czechowickie zostały wierne Kościołowi katolickiemu, gdyż tak zastrzegła sobie właścicielka księstwa oświęcimskiego, Anna Zaborowska. Puńców stał się więc w ten sposób ówczesną kolebką luteranizmu, w której duszpasterzami po wspomnianym Bartłomieju Lassolinim byli: Michał Leporinus z Kremmicy oraz Daniel Kuntschius z Bielska.
W dniu 6.IX.1599 r. doszło w Puńcowie do obrabowania kościoła. Wydarzenie to stało się zapewne powodem dzisiejszego braku w kościele jakichkolwiek zabytków, które pochodziły z tamtego okresu. Niekorzystne zmiany, nie sprzyjające rozwojowi protestantyzmu na Śląsku Cieszyńskim, zaszły na początku XVII w. Po śmierci Wacława Adama w 1579 r. rządy nad księstwem w imieniu małoletniego Adama Wacława przejęła Katarzyna Sidonia. Młody książę, wychowany w otoczeniu protestanckim oraz pod wpływem swojej żony Elżbiety, córki księcia kurlandzkiego, obejmując rządy w 1595 r. księstwem, zapewnił, że będzie szedł po linii wytyczonej przez swoich poprzedników, ustanawiając tylko duchownych, którzy wyznają naukę Lutra według konfesji augsburskiej. Jednak już w kilka lat później, po śmierci swojej żony w 1610 r., książę wstępuje w cesarską służbę wojskową w Wiedniu. Tam był świadkiem i uczestnikiem katolickiego nabożeństwa oraz poznał się z Ojcami Jezuitami. Po powrocie do Cieszyna w 1608 r. przyjął na Święta Bożego Narodzenia wiarę katolicką, rozpoczynając równocześnie jej szerzenie po całym terenie Księstwa Cieszyńskiego. Wśród kościołów obsadzonych wówczas katolickim duchowieństwem, znalazły się świątynie w Puńcowie, Skoczowie, Strumieniu i Cieszynie.
Katolicy wracają jednak do swoich świątyń tylko na krótki czas. Kiedy bowiem po śmierci Adama Wacława, 13.VII.1617 r., następcą miał zostać jego jedyny syn Fryderyk Wilhelm, wychowywany u Ojców Jezuitów w Monachium; jako że był jeszcze małoletni, jego zadania przejęli, przydzieleni mu przez cesarza, opiekunowie, którymi byli: biskup wrocławski, arcyksiążę Karol, książę opwaski Karol Lichtenstein oraz starosta opolski Oppersdorf.
Dopiero wtedy luteranie zaczęli upominać się i dążyć do zwrotu zabranych im kościołów. W 1619 r. został więc wydalony z cieszyńskiej fary ks. Rudzki, a jego miejsce zajął pastor Tymoteusz Łowczany. Pozostałe kościoły i plebanie na Ziemi Cieszyńskiej protestanci zajmowali siłą. przy użyciu wojska. W taki sposób zdobyto między innymi kościoły w Strumieniu 4.VII.1619 r. Towarzyszący nieustannie oddziałom wojskowym pastor Łowczany natychmiast po zajęciu kościoła wygłosił okolicznościowe kazanie i intonował "Te Deum" przy równoczesnych triumfalnych wystrzałach z armatnich. W ten sposób protestanci na powrót przejęli kościoły w Skoczowie, Goleszowie, Grodźcu i Puńcowie. Wszędzie usunięto natychmiast katolickich duchownych, osadzając w ich miejsce ewangelickich pastorów.
Okres wojny trzydziestoletniej przynosił zmieniające się warunki i prześladowania na terenie Śląska Cieszyńskiego katolików i ewangelików. W 1622 r. zjawił się na tych terenach wraz ze swoim wojskiem Jan Jerzy Karniowski, popierający i sprzyjający protestantom. W dwa lata później powraca z Bawarii młody książę Fryderyk Wilhelm, nakazując oddanie katolikom wszystkich ich kościołów. W 1626 r. Śląskiem Cieszyńskim zawładnął Ernest Mansfeld, dowódca wojsk protestanckich i przywrócił kościoły swoim współwyznawcom. Na uwagę zasługuje jednak fakt, iż w tych ciężkich i okrutnych czasach ludność katolicka i ewangelicka umiała sobie nawzajem okazywać pomoc i zrozumienie. Skoczowscy ewangelicy wysłali między innymi delegację mającą wstawić się w obronie uwięzionego w Ołomońcu Jana Sarkandra.
Wiele zabiegów, mających na celu przywrócenie wiary katolickiej na Śląsku Cieszyńskim, uczyniła Elżbieta Lukrecja, siostra zmarłego w 1625 r. Fryderyka. Wydała ona w 1629 r. przywilej, aby odtąd sprawowanie wszelkich urzędów, przynależność do cechów i bractw oraz handel powierzane były wyłącznie katolikom.
W 1637r. księżna Elżbieta zaprezentowała biskupowi wrocławskiemu kandydaturę ks. Mateusza Hesznera na probostwo w Puńcowie. Parafia puńcowska wchodziła wówczas w skład dekanatu cieszyńskiego, a jego dziekan ks. Albert Gagatkowski obejmował swoim zarządem równocześnie dekanaty: cieszyński, żywiecki i oświęcimski. Katolików było wówczas w Puńcowie około 60. Jednak, dzięki staraniom Ojców Jezuitów, w Cieszynie liczba ich wzrosła, choć i tak wspólnota katlicka w Puńcowie pozostawała w mniejszości wobec ewangelików zamieszkujących te tereny. Tamtejszy duszpasterz sprawował codziennie Mszę świętą dla swoich parafian. Skutki reformacji pozostawiły jednak na terenie parafii liczne i widoczne ślady, zwłaszcza zaś wśród młodzieży, która niechętnie przychodziła na naukę katechizmu. Protestanci, zamieszkujący wówczas teren Puńcowa, Dzięgielowa i Kojkowic, zmuszeni byli z powodu braku własnej świątyni do gromadzenia się na nabożeństwa w pobliskich lasach.
Dopiero w 1706 r. szlachta cieszyńska dowiedziała się, że w Altransztadzie toczą się pertraktacje w sprawie przyznania protestantom kilku świątyń na ziemiach cesarskich. Zwrócono się więc do cesarza z prośbą odstąpienie kilku kościołów, które do tej pory były nie obsadzone proboszczami z powodu braku duchownych katolickich. Cesarz odmówił, lecz w zamian zezwolił na budowę jednego kościoła ewangelickiego w Cieszynie, na Wyższej Bramie poza murami miasta.