Okres okupacji hitlerowskiej
Z chwilą wybuchu II wojny światowej działalność Kościoła na terenie Śląska Cieszyńskiego została znacznie ograniczona przez niemieckiego okupanta. Przewidując tę trudną sytuację ks. bp Stanisław Adamski udzielił wszystkim księżom dziekanom, mieszkającym z dala od Katowic, specjalnych uprawnień na wypadek odcięcia od stolicy biskupiej.
W godzinach popołudniowych 1. IX 1939 r. miasto Cieszyn i jego okolice, w tym również Puńców i Dzięgielów, zostały zajęte przez wkraczające oddziały żołnierzy niemieckich. Równocześnie cały Śląsk Cieszyński został wcielony do Rzeszy Niemieckiej, jako tzw. „eingegliederte ostgebiete", tworząc później część nowo utworzonej rejencji katowickiej.
Władze okupacyjne natychmiast zabroniły prowadzenia w parafii jakiejkolwiek działalności, a szczególnie tej, która miałaby rozbudzić ducha narodowego wśród parafian. Rozwiązując wszystkie organizacje kościelne, wprowadzając zakaz głoszenia kazań w języku polskim i nauczania religii w szkole, władze niemieckie chciały całkowicie ograniczyć wpływ Kościoła na życie parafian.
W Puńcowie udało się jednak księdzu proboszczowi, oprócz krótkiego kazania niemieckiego, głosić również przez cały okres okupacji hitlerowskiej kazanie polskie, które przekazywał w czasie nabożeństw niedzielnych w formie ogłoszeń duszpasterskich.
W grudniu 1939 r. Niemcy przeprowadzili pierwszy okupacyjny spis ludności, który był połączony z wydawaniem dwujęzycznych dowodów osobistych. Aby otrzymać taki dowód osobisty, zainteresowany podawał personalia oraz narodowość i język, który miał być: niemiecki bądź tzw. ślązacki. Niestety, w wyniku tego spisu osoby, które zadeklarowały narodowość polską, miały zostać wysiedlone do Generalnej Guberni lub w głąb Rzeszy. Taki los spotkał ówczesnego proboszcza puńcowskiego ks. Zygmunta Krzyżanowskiego, który na rozkaz władz niemieckich musiał 30. V 1940 r. opuścić parafię jako „nieślązak". Z Puńcowa udał się do Generalnej Guberni i przebywał w Krakowie do 31. VI 1940 r., kiedy to został aresztowany i wywieziony do więzienia na Montelupich. Stamtąd ks. Krzyżanowski został 8.I 1942 r. przewieziony do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu, gdzie otrzymał numer obozowy 25297. W tym samym czasie więźniem obozu w Oświęcimiu byli między innymi: o. Maksymilian Maria Kolbe oraz pochodzący z terenu diecezji katowickiej ks. Konrad Szweda oraz kleryk Antoni Kawka. Ksiądz Zygmunt Krzyżanowski zmarł w obozie oświęcimskim w czerwcu 1942 r. Wobec sytuacji, która zaistniała w puńcowskiej parafii w związku z wysiedleniem z niej dotychczasowego proboszcza, ksiądz biskup ordynariusz zamianował nowym administratorem parafii w Puńcowie i równocześnie w Lesznej Górnej ks. Franciszka Mokrosa, pochodzącego z Kochanowic koło Lublińca. Nowy duszpasterz objął parafię w Puńcowie w dniu 1.VI 1940 r.
Puńcowscy parafianie, mimo ciągle trwającej okupacji hitlerowskiej i nieprzychylnego stosunku władz do przeprowadzenia jakichkolwiek inwestycji, nie przestawali ciągle dbać o majątek parafialny. W maju 1941 r. ksiądz proboszcz zakupił 7 tysięcy sadzonek drzewek i obsadził nimi teren lasu, będącego własnością parafii. W tym samym roku rozpoczęto również drenowanie pola parafialnego, które ukończono w 1942 r. Niestety, na skutek działań wojennych, parafia puńcowska poniosła również straty. Okupacyjne władze niemieckie zarekwirowały bowiem wszystkie dzwony kościelne celem przetopienia ich i wykorzystania na cele wojenne. Zabrano wówczas z kościoła w Puńcowie dzwony: Maria, Michał, Edward. W 1943 r., staraniem ks. Mokrosa, odnowiono wszystkie malowidła ścienne w kościele parafialnym, które były już w znacznym stopniu uszkodzone, porysowane i popękane. Z przeprowadzonej zbiórki pieniężnej na ten cel zapłacono materiał potrzebny do malowania i wynagrodzono robotników, a z pozostałej części zakupiono jeszcze ornat, albę i czerwone ubranka dla ministrantów. Pragnąc doprowadzić całkowicie do należnego porządku budynki kościelne oraz całe obejście wokół nich, przystąpiono w 1944 r. do remontu drogi parafialnej, która była już w dość złym stanie. Całość wydatków, związanych z przeprowadzanymi w parafii remontami, puńcowscy parafianie ponosili we własnym zakresie. Ze względu na panującą wówczas sytuację polityczną i gospodarczą, trwającą okupację hitlerowską, parafia w Puńcowie nie została wsparta w realizacji swoich inwestycji ani przez państwo, ani przez patronat Kościoła. Zważając wiec na ciężką sytuację materialną samych mieszkańców Puńcowa i Dzięgielowa, trzeba stwierdzić, iż ich ofiarność była bardzo wielka, zaś zakres przeprowadzonych inwestycji, jak na czas wojny, bardzo szeroki.
Początek 1945 r. był dla mieszkańców Puńcowa i Dzięgielowa czasem najcięższym na przestrzeni wszystkich lat wojny. W okresie walk frontowych i zdobywania przez wojska radzieckie Bramy Morawskiej przechodzące przez Puńców i jego okolice wojska pozostawiły po sobie spustoszenie i wielkie straty. Cała akcja wojsk radzieckich, mająca na celu wyzwolenie spod okupacji hitlerowskiej Ziemi Cieszyńskiej, zakończona została w początkach maja 1945 r. W środę wieczorem 2. V 1945 r. wycofujące się wojska niemieckie zajęły budynek parafii w Puńcowie, przeznaczając go na siedzibę dowództwa swoich wojsk. W tym samym czasie zajmowano również okopy wokół wsi i przygotowywano się do obrony Puńcowa przed atakiem wojsk radzieckich. Jednak w godzinach wieczornych nadszedł rozkaz wycofania się, opuszczenia Puńcowa i kierowania się w stronę Frydku w Czechosłowacji. W czwartek 3.V 1945 r. o godzinie piętnastej do Puńcowa wkroczyła, od strony Cieszyna, Armia Czerwona. Sposób zachowania się żołnierzy radzieckich był dość agresywny i brutalny, skoro mieszkańcy Puńcowa, zamiast radować się swoją wolnością odzyskaną po latach okupacji, chowali się w domach w obawie przed żołnierzami. Puńcowski proboszcz ks. Franciszek Mokros nie cieszył się też długo wolnością. Został bowiem aresztowany w dniu 19.XI 1945 r. i wywieziony do więzienia na Mokotowie w Warszawie. Obowiązki duszpasterskie w Puńcowie przejął wówczas, na okres nieobecności proboszcza, ks. Franciszek Topiarz, który ograniczył się jednak wyłącznie do duszpasterstwa, odkładając wszelkie inwestycje gospodarcze do czasu powrotu ks. proboszcza. Wezwał wszystkich parafian do modlitwy o szybki powrót duszpasterza z wiezienia oraz wsparcia go wysyłanymi paczkami żywnościowymi. Równocześnie podjęto wszystkie możliwe działania, mające na celu wyjaśnienie motywów aresztowania ks. Mokrosa. Na terenie Puńcowa i Dzięgielowa zebrano wśród parafian podpisy i wraz z listem, w którym opisano dokładnie faktyczną działalność ks. proboszcza w latach okupacji, potwierdzonym przez Urząd Gminy, delegacja parafii udała się do Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Katowicach. W tym samym czasie list z prośbą o zwolnienie ks. Franciszka Mokrosa z więzienia wystosowała również placówka Straży Granicznej w Dzięgielowie. Efektem tychże zabiegów było zwolnienie 10.VI 1946 r. puńcowskiego proboszcza ks. Franciszka Mokrosa z więzienia na Mokotowie.